El tratamiento depende de la ubicación, la profundidad y la complejidad de la fístula (si ésta afecta al músculo del esfínter anal). La cirugía se suele realizar de forma ambulatoria y con anestesia locorregional.

Las técnicas más comunes incluyen:

• Fistulotomía: Es el procedimiento más frecuente para fístulas simples. Consiste en abrir el trayecto de la fístula para que sane como una herida abierta. Tiene una alta tasa de éxito y de cicatrización completa.
• Colgajo endorrectal: Indicado para fístulas más complejas o situadas cerca del esfínter anal, donde existe riesgo de incontinencia. Se cierra el orificio interno de la fístula utilizando un colgajo de tejido sano.
• Setón (hilo quirúrgico): Utilizado en fístulas complejas o profundas. Un hilo se coloca en el trayecto para mantenerlo abierto mientras se reduce progresivamente. Permite minimizar el daño al esfínter.
• Cierre de la fístula con láser: es una técnica mínimamente invasiva que emplea un láser especializado para cerrar el trayecto fistuloso desde el interior, preservando el tejido circundante y minimizando el riesgo de incontinencia anal. Se puede usar en fístulas simples y complejas, principalmente en pacientes con alto riesgo de incontinencia anal.